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（1）虧損彌補基本規(guī)定
財稅[2009]59號規(guī)定：
2.被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項由合并企業(yè)承繼。
3.可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。
國家稅務(wù)總局公告2010年第4號規(guī)定：
第二十六條 《通知》第六條第(四)項所規(guī)定的可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額，是指按《稅法》規(guī)定的剩余結(jié)轉(zhuǎn)年限內(nèi)，每年可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額。
（2）虧損彌補解析
合并時，被合并企業(yè)尚未彌補的虧損全部由合并企業(yè)承繼，但需按規(guī)定的限額由合并企業(yè)逐年扣除?？捎珊喜⑵髽I(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的每年限額是按被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值計算，不是資產(chǎn)的公允價值。
國稅發(fā)[2000]119號[全文廢止]規(guī)定：
被合并企業(yè)合并以前的全部企業(yè)所得稅納稅事項由合并企業(yè)承擔(dān)，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合并企業(yè)繼續(xù)按法規(guī)用以后年度實現(xiàn)的與被合并企業(yè)資產(chǎn)相關(guān)的所得彌補。具體按下列公式計算：某一納稅年度可彌補被合并企業(yè)虧損的所得額=合并企業(yè)某一納稅年度未彌補虧損前的所得額×(被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值÷合并后合并企業(yè)全部凈資產(chǎn)公允價值)。
無論是老規(guī)定，還是59號新規(guī)定，被合并企業(yè)的所得稅事項均由合并企業(yè)承繼，被合并企業(yè)的虧損全額由合并企業(yè)承繼彌補，按被合并企業(yè)虧損年度的未彌補虧損額逐個轉(zhuǎn)入合并企業(yè)相應(yīng)年度，但因為存在避稅等原因，彌補思路總體是被合并企業(yè)的虧損仍由“被合并企業(yè)資產(chǎn)相關(guān)的所得”來彌補，但實際“被合并企業(yè)資產(chǎn)相關(guān)的所得”是難以確定的，因此老規(guī)定是以被合并企業(yè)凈資產(chǎn)與合并后全部凈資產(chǎn)的占比來確定可以彌補虧損所得額（即合并后全部凈資產(chǎn)產(chǎn)生的所得中“被合并企業(yè)資產(chǎn)相關(guān)的所得”），而59號新規(guī)定是以被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值與最長期國債利率確認的金額，來確定每年可彌補的虧損限額，也就是可彌補虧損的所得額限額（“被合并企業(yè)凈資產(chǎn)產(chǎn)生的所得”）。實質(zhì)是以長期國債利率為無風(fēng)險所得率，來確認被合并企業(yè)凈資產(chǎn)未來年度可能實現(xiàn)的所得額。
被合并企業(yè)的虧損，每年在“可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額”內(nèi)以及剩余結(jié)轉(zhuǎn)年限內(nèi)彌補。根據(jù)公式計算每年都可彌補的虧損限額，再根據(jù)被合并企業(yè)實際可彌補虧損的歷年金額，根據(jù)合并企業(yè)或被合并企業(yè)可彌補虧損年限，在5年或8年、10年的年度內(nèi)按年度虧損順序進行計算彌補。限額內(nèi)未彌補完的被合并企業(yè)虧損額或者超過限額的未彌補完的虧損，可以按規(guī)定結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補。
（3）最長期限國債利率
“至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率”，確認后，后續(xù)彌補期間都不能變化，每年可彌補的限額是固定的。
2024年6月14日財政部首次發(fā)行50年期超長期特別國債，發(fā)行總額350億元，票面利率為2.53%。
（4）凈資產(chǎn)公允價值與商譽
部份合并案例中，被合并企業(yè)的資產(chǎn)和負債以及被合并企業(yè)整體考慮為一項業(yè)務(wù)和權(quán)益，按收益法或其他估值方法，實際交易支付總額（股權(quán)支付或非股權(quán)支付對價）可能遠遠大于被合并企業(yè)的可辨認凈資產(chǎn)的公允價值，差額構(gòu)成商譽。
如某公司重大資產(chǎn)購買中，截至2021年7月16日（重整受理日），WXZQ資產(chǎn)總額為8.98億元，以重整受理日為基準(zhǔn)日WXZQ全部資產(chǎn)清算價值為3.04億元。普通債權(quán)總額為41.99億元，截至2021年12月31日，經(jīng)審計資產(chǎn)凈額為-413,262.84萬元，無法清償?shù)狡趥鶆?wù)?！对u估報告》未考慮WXZQ未來與ZNZ的業(yè)務(wù)協(xié)同效應(yīng)，經(jīng)市場法評估后得到WXZQ股東全部權(quán)益價值為67,892.37萬元；經(jīng)收益法評估后的WXZQ股東全部權(quán)益價值為73,734.67萬元。評估機構(gòu)最終選取了市場法評估結(jié)果作為《評估報告》中WXZQ股東全部權(quán)益價值的評估結(jié)論。《估值報告》將WXZQ與ZNZ的業(yè)務(wù)協(xié)同效應(yīng)納入考量范圍，經(jīng)收益法評估后得到WXZQ股東全部權(quán)益價值為182,330.45萬元。經(jīng)重整投資人競爭性遴選、市場化談判等環(huán)節(jié)，確定本次交易作價為15億元。上述作價綜合考慮了標(biāo)的公司W(wǎng)XZQ取得了證券業(yè)務(wù)全牌照、業(yè)務(wù)情況、與上市公司之間的業(yè)務(wù)協(xié)同、資源互補等因素。
雖本案例為破產(chǎn)重整人的投資估價，也可以作為合并的參考案例。案例如果進行破產(chǎn)清算，相關(guān)的商譽溢價將無法實現(xiàn)，按實有資產(chǎn)進行清算，清算價值可能為零（資不抵債）。
案例中，凈資產(chǎn)賬面價值為負數(shù)，可辨認凈資產(chǎn)公允價值評估可能為負數(shù)或正數(shù)，但用戶數(shù)龐大估值較高，或者被合并企業(yè)的牌照價值較高（假設(shè)合并時可以轉(zhuǎn)移），合并對價為15億元，應(yīng)以15億元為交易支付總額。
根據(jù)企業(yè)所得稅法和實施條例，商譽屬于企業(yè)所得稅法的無形資產(chǎn)，自創(chuàng)商譽不得計算攤銷費用扣除；外購商譽的支出，在企業(yè)整體轉(zhuǎn)讓或者清算時，準(zhǔn)予扣除。
商譽一般出現(xiàn)在合并報表層面，但在單體報表層面出現(xiàn)商譽一般是在非同一控制下的吸收合并，即購買方對合并成本大于合并中取得的被購買方可辨認凈資產(chǎn)公允價值份額的差額，應(yīng)當(dāng)確認為商譽。上述案例中的交易支付總額與可辨認凈資產(chǎn)公允價值的差額計入商譽，不論是一般性稅務(wù)處理下，還是特殊性稅務(wù)處理下，商譽不可以在企業(yè)所得稅前扣除，計提的減值損失不可以在稅前扣除。上述案例一般性稅務(wù)處理中，被合并企業(yè)及其股東都應(yīng)按15億元進行清算所得稅處理，合并企業(yè)應(yīng)按15億元作為公允價值確定接受被合并企業(yè)各項資產(chǎn)和負債以及商譽的計稅基礎(chǔ)。特殊性稅務(wù)處理下，合并企業(yè)接受被合并企業(yè)資產(chǎn)和負債的計稅基礎(chǔ)，以被合并企業(yè)的原有計稅基礎(chǔ)確定。合并方取得的商譽計稅基礎(chǔ)為零。
合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額與被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值相關(guān)，合并企業(yè)提供合并日凈資產(chǎn)公允價值證明材料時應(yīng)考慮凈資產(chǎn)公允價值與交易支付總額以及商譽的關(guān)系。計算“虧損限額的被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值”應(yīng)為被合并企業(yè)可辨認凈資產(chǎn)公允價值，不包括商譽公允價值。
被合并企業(yè)可辨認凈資產(chǎn)公允價值與賬面凈資產(chǎn)存在差異時，被合并企業(yè)應(yīng)先對賬面凈資產(chǎn)調(diào)整確認，如帳外資產(chǎn)應(yīng)先進行稅務(wù)和賬務(wù)調(diào)整確認后再進行合并的稅務(wù)處理和賬務(wù)處理。
財稅〔2016〕36號銷售無形資產(chǎn)包括商譽，案例中商譽的轉(zhuǎn)讓屬于無形資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓應(yīng)繳納增值稅，應(yīng)考慮盡量適用重組增值稅政策，雖然重組增值稅政策并不包括無形資產(chǎn)。
案例，A公司吸收合并非同一控制下的B公司，B公司由股東C公司100%持股，C公司持有B公司股權(quán)計稅基礎(chǔ)為200萬元，B公司的資產(chǎn)總額800萬元，負債總額22,000萬元，資產(chǎn)凈額-21,200萬元（假設(shè)公允價值（評估價格）與賬面價值一致，均為-21,200萬元），A公司增發(fā) 1元的股份對C公司支付。
案例企業(yè)合并的“交易支付總額”是A公司對C公司的股權(quán)支付，即1元增發(fā)股份，被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值為負數(shù)，差額構(gòu)成商譽?？捎珊喜⑵髽I(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額為0元。C公司獲得A公司增發(fā)的價值1元的股權(quán)，計稅基礎(chǔ)為200萬元。
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